Secuenciación y análisis bioinformático de secuencias (página 2)

Aproximación consorcio público: clon a clon (jerárquica)

Aproximación consorcio público: clon a clon (jerárquica)

Mapeo y Anclaje de STSs

STS (Sequence tagged sites): Secuencia conocida (permite ensayo con PCR) Único Fuentes de STS ESTs (Expressed sequence tags) SSLPs (single sequence length polymorphisms) Random genomic sequences

Mapa de STSs

Integración de mapas mediante el anclaje de STSs (Gp:) Mapa de STSs (Gp:) Mapa de Recombinación (Gp:) Mapa de RH

(Gp:) Contigs (Gp:) Mapa de clones

Estrategias de secuenciación del genoma: Clon a clon vs. Perdigonazo (shotgun)

Microorganismos secuenciados

Nuestra visión del árbol de la vida debe ser modificada Familias génicas forman un léxico de biología molecular 50% genes son URFs (unidentified reading frames) Mínimo número de genes para sostener el tipo moderno de célula es 256 El ancestro común de Gram-positivas y negativas tenía probablemente más de 1000 genes Gene shuffling ORFs faltantes de genes existentes

Cada genoma completo suministra una cornucopia de información biológica:

Conocimiento del número total de genes Principios sobre la organización básica del organismo (clases funcionales,…) Conocer funciones básicas de los genes conservados en distintas especies (léxico biología molecular) Miramos el bosque, no el árbol

Organismos eucariotas secuenciados Saccharamyces cerevisiae (levadura del pan) Caenorhabditis elegans (gusano nemátodo) Drosophila melanogaster (mosca de la fruta) Arabidopsis thaliana (mala hierba de los prados)

(Gp:) 3000 Mb (Gp:) H. sapiens (Gp:) 120 Mb (Gp:) A. thaliana (Gp:) 120 Mb (180) (Gp:) D. melanogaster

(Gp:) 97 Mb (Gp:) C. elegans (Gp:) 12 Mb (Gp:) S. cerevisiae (Gp:) # pb (Gp:) Organismo (Gp:) ~100.000 (Gp:) ~25.000 (Gp:) ~13.600 (Gp:) ~19.000 (Gp:) ~6.000 (Gp:) # genes

Lista de bases de datos de biología molecular en NAR

http://nar.oupjournals.org/content /vol28/issue1/ Bioinformática

Bases de datos

Primarias

Compuestas

Secundarias

European Bioinformatics Institute (EBI-UK) Home Page SRSWWW at EMBnet/CNB The National Center for Biotechnology Information (GenBank) NCBI als EEUU:    Entrez DNA Data Bank of Japan (DDBJ) Nucleic Acid Database Genome Sequence Database (GSDB) Genome Database (GDB)

Bases primarias y compuestas de DNA y Proteínas

SwissProt Protein Data Bank (at EBI) Protein Data Bank (USA) Protein  Information Resource (PIR at Europe) PRF HOME PAGE

SRS

Entrez

Bases secundarias

Motius   SCOP  Clasificació estructural de proteïnes (Univ. de Cambridge)   Prosite   Diccionari de motius (Suissa)   Motif     Cerques de motius proteics al Japó

Estructura NRL Protein Structure Database Swiss-Model

REBASE Codon Usage Database

Bases genòmiques THE INSTITUTE FOR GENOMIC RESEARCH The Sanger Centre : Projects Microorganismes TIGR Microbial Database MAGPIE GENOME SEQUENCING PROJECT LIST MBCR home page Pseudomonas Genome Project: Obtaining Sequences Streptococcus pyogenes

Genomes eucariotes Human Genome Mapping Project Saccharomyces Genome Database Drosophila Anopheles Caenorhabditis elegans

Eines i software de biologia molecular a la xarxa

Software de biologia molecular: The Biocatalog

Molecular Biology Shortcuts

Biotools

Los 6 marcos de lectura posibles obtenidos a partir de una secuencia de 9 kb de un hongo Los ORFs mayores, el 2 y 5, son potenciales genes candidatos

Protocolo para localización de genes a partir de la inspección de la secuencia

Traducción conceptual de la secuencia Detección ORFs Sesgo de codones Límites exón-intrón Secuencias de control río arriba Búsqueda de homologías

Ejercicio Observa el patrón de bandas fingerprint de una pareja y sus 5 hijos. Contesta a las siguientes cuestiones: ¿Qué marcadores se heredan juntos? ¿Qué marcadores parece ser alelos de un mismo locus? ¿Qué marcadores segregan independientemente? ¿Qué marcadores parecen estar ligados en trans? ¿Qué marcadores pueden estar ligados a la enfermedad P?

Cinco clones YAC de DNA humano se probaron para STSs. a. Dibuja el mapa físico de los STSs ordenados b. Alinea los YACs en un contig

Ejercicio

Este es el pedigrí de una familia con fibrosis quística (en negro). El hijo mayor se ha casado con un primo segundo. Para saber si es portador ha efectuado un test molecular con tres sondas de RFLPs que se sabe están ligadas al gen de la FQ. ¿Es este hombre homocigoto normal o portador? ¿Son sus tres hermanos normales portador o normales? ¿De qué padre heredaron el alelo cada portador? Ejercicio