Puntos a tratar en este Tema : Métodos de secuenciación del DNA Secuenciación ordenada (clon a clon) STS y ETS Secuenciación aleatoria (Shotgun) Mapas de expresión Bancos de datos Análisis bioinfomático Paquetes de programas http://mendel.uab.es/doctorat/genomica/
Mapas genéticos (de ligamiento o recombinación): basados en distancias o frecuencias de recombinación (Gp:) Xg Proteína grupo sanguíneo (Gp:) Ictiosis (un efermedad de la piel) (Gp:) Albinismo ocular (Gp:) Angioqueratoma (crecto celular) (Gp:) Centrómero (Gp:) Fosfoglicerato-quinasa (Gp:) Alfa-galactosidasa (Gp:) Xm (Gp:) Deutan (ceguera color rojo-verde) (Gp:) G6PD (Gp:) Protano (ceguera color rojo-verde) (Gp:) Hemofilía A
Mapas físicos y genéticos Mapa de ligamiento parcial del cromosoma X de la especie humana
Mapa genético del Cromosoma 1 Homo sapiens.
Mapas físicos y genéticos Mapas físicos: la distancia entre marcadores es una distancia física real, basada en bp, Posición citológica en los cromosomas, o fragmentos de cromosomas.
Secuenciación automatizada del DNA Secuenciación basada en la terminación de cadena
Vector de clonación
Vector plasmídico
Vector bacteriófago M13
Fagémido
Interpretación de un cromatograma con Chroma
Limitaciones de la aproximación clásica 1/5.000.000 cada experimento
Secuenciación por capilaridad 96 canales, 96 secuencias en paralelo < 2 horas/run -> 1000 secuencias/día
Pirosecuenciación Adición nucleótidos libera pirofosfato Con enzima sulfurilasa produce flash luminiscente
DNA chips 8-meros 65539 combinaciones. 256 bases legibles 10-meros 1048576 combinaciones, 1kb 20-meros 1012 combinaciones, 1MB Alternativas de secuenciación
DNA chips (1 millón oligonucleótidos por cm2) 8-meros 65539 combinaciones. 256 bases legibles (raíz cuadrada de las posibles combinaciones) 10-meros 1048576 combinaciones, 1kb 20-meros 1012 combinaciones, 1MB Alternativas de secuenciación
Estrategia del perdigonazo (shotgun) Gran éxito en microorganismos (Haemophilus influenzae) Aproximación Clon a clon (Consorcio público) Aproximación del perdigonazo dirigida (Celera Genomics) Ensamblaje de secuencias de DNA contiguas Francis S. Collins Proyecto Genoma humano Consorcio público J. Craig Venter PE Celera Genomics
Arquitectura del genoma de Haemophilus influenzae
Microorganismos secuenciados
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