El nombre completo fue Francisco Xavier Thomas de la Concepción Muñiz incorrectamente se afirma que nació en Monte Grande y en realidad nació en San Isidro, a unos 200 mts. de la Catedral. El 21 de diciembre de 1795, época en que esa localidad pertenecía al Partido de la Costa, llamado pago de Monte Grande, siendo así como quedó documentado por Domingo Faustino Sarmiento, quién en 1885 publicó una recopilación minuciosa de los trabajos del Dr. Muñiz, titulada Vida y escritos del Coronel Dr. Francisco J. Muñiz.
Sus padres fueron Don Alberto José Muñiz y Doña Bernardina Frutos que debieron trasladarse a Buenos Aires para que su hijo Francisco pueda continuar con sus estudios he ingresara al Colegio San Carlos.
En 1806, teniendo apenas 11 años, a pesar de que por su edad estaba relevado de la responsabilidad de enrolarse. Se alista como Cadete del Regimiento de Andaluces en Buenos Aires, del cual era Jefe el Coronel don José Merlo, que por su edad se lo relevaba de algunas exigencias del servicio y severidad con que la Ordenanza prescribe, pues se le permitía continuar sus estudios.
A pesar de ello, animado del patriotismo que ya le distinguía, acompañó a su Cuerpo que unido al resto del Ejército, interviniendo en la heroica defensa de Buenos Aires, contra el invasor ingles. Marchó en la tarde del 1° de Julio de 1807 al puente de Barracas, con el intento de buscar y batir al enemigo que había desembarcado días antes, en la Ensenada de Barragán.
El Regimiento de Andaluces, que formaba en el ala derecha, vanguardia del ejército, se topó el día 2, después de su regreso de Barracas, en el enfrentamiento con el enemigo en los Corrales de Miserere.
El Cadete Muñiz se encontró en esa acción; y estando en la noche del mencionado día 2 de julio, en la Plaza Mayor (hoy de la Victoria), que era defendida especialmente por soldados de la legión de Patricios, participo de la defensa del Cuartel de los batallones legionarios, y se agregó a las guerrillas que ya desde el día 3 salieron en distintas direcciones por las calles de la Ciudad.
El 5 de julio, se dirigió por la calle de las Torres (hoy Rivadavia), ocupando con otros soldados de distintos cuerpos, una azotea, a espaldas de la Iglesia de San Miguel. En tanto una columna del ejercito ingles, desprendida del Retiro, ingresó hasta un cuarto de cuadra de la misma manzana de la Iglesia, por dicha calle, resistiendo el hostigamiento que desde todas las alturas y desde la torre de aquel templo le propinaban. Es así que ante este hecho el joven Muñiz bajó con otros milicianos de las azoteas, y abriendo la puerta de la casa en que estaban, salieron temerariamente a la calle a enfrentarse con el enemigo disparando sus armas, a menos de cincuenta metros de ellos. Fue así como una bala de fusil le hirió en la pierna derecha.
Al día siguiente fue llevado a un claustro de San Francisco junto a muchos otros heridos, tanto ingleses como de los defensores de la ciudad.
Extraída la bala, su curación tardo por algún tiempo. Luego de estos episodios, no se sabe realmente si dejo el servicio militar inmediatamente después de ser licenciados los tercios de milicias urbanas que ayudaron en la resistencia contra la invasión inglesa, ni cuál era la clase de estudios que le permitían continuar durante su servicio.
Cuando tenía 18 años se inscribe en el primer curso de teología del Colegio San Carlos, y por un hecho fortuito, suscitado por el mismo Muñiz, cuando menciona al Canónigo D. José León Banegas, Catedrático del Colegio de San Carlos, como que él fuera (Muñiz) "discípulo y amigo suyo" se está al tanto de que en 1812, se encuentra colaborando en la fundación de la Segunda Sociedad Patriótica Literaria desde dónde participa junto al doctor José León Banegas en la redacción del notorio Manifiesto que exhortaba a declarar la independencia de las Provincias Unidas del Río de la Plata.
El Doctor Banegas, era "uno de los doce "ciudadanos que formaron la Sociedad Patriótica Literaria. Su nombramiento fue " socio de voto, y en calidad de tal, firmó el célebre manifiesto, que como se menciono más arriba se exhortaba a las "Provincias que componían el Virreinato, a declararse independientes del "Gobierno Metropolitano, como se produjo cuatro años después".
Las ideas que suministró "el Dr. Banegas para aquel importantísimo y memorable documento fueron escritas por el "que traza estos renglones", manifestaba el por entonces joven Muñiz pues, ya que hasta 1812 era el discípulo predilecto del Dr. Banegas, de quien dice que después de haber desempeñado las Cátedras de Latín y Filosofía por oposición, "se consagraba en silencio y en el retiro que amaba por "vocación, al estudio de las letras y de las ciencias morales y "sagradas, sin descuidar la física, su ramo favorito (esto agregado entre líneas), "con cuyos descubrimientos y aplicaciones más recientes ilustraban y aumentaba los conocimientos adquiridos"
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